Ancak, SMS onay sistemi de bazı zorluklarla karşı karşıyadır. Özellikle, cep telefonu sinyali zayıf veya yoksa, doğrulama kodlarının alınması gecikebilir veya engellenebilir. Bu durumda, kullanıcılar işlemlerini tamamlamakta zorluk yaşayabilir ve bu da kullanıcı memnuniyetsizliğine yol açabilir.
